ネイティブアプリはAppStoreやGooglePlayなどからダウンロードし、スマホなどの端末にインストールするアプリケーションです。また、Webアプリは、ダウンロードすることなくWebブラウザ上で利用できるアプリケーションを指します。

ネイティブアプリは、起動も動作速度も速いというメリットがあり、ユーザーは快適にアプリを利用することが可能です。また、ネイティブ機能を利用してプッシュ通知を表示させることができるので、ユーザーに継続的に利用してもらいやすくなります。
アプリストアを通しているため、ユーザーは課金が簡単にでき、キャリア決済も利用できるので、継続的な利益が得やすいことがメリットです。

ネイティブアプリはアプリストアを経由するので、検索エンジンからユーザーが入ってこないということから、新規ユーザーを獲得するという点でのデメリットがあります。
また、各アプリストアのガイドラインに沿って開発する必要があり、規制によって開発の自由度が少なくなる、ストア審査で配信の開始が予定していた通りいかないこともデメリットの1つです。

Webアプリは、ネイティブアプリよりも開発コストがかからない、1つのアカウントを異なる端末で使用できるというメリットがあります。ネイティブアプと違い、審査がないので開発の自由度も非常に高いのも魅力です。ネットワーク環境によっては動作速度が遅くなってしまうことがデメリットですが、メリットのほうが大きいといえるでしょう。